Er zijn bij het konijn 2 infectieziekten waartegen kan worden gevaccineerd:
Myxomatose is daarvan de bekendste. De ziekte komt oorspronkelijk uit Zuid Amerika. In 1952 is de ziekte in Frankrijk gebracht om konijnen te bestrijden. Vanuit Frankrijk heeft de ziekte zich door heel West Europa verspreid. Myxomatose is alleen gevaarlijk voor konijnen.
Bij geinfecteerde dieren ontstaan er weke zwellingen (myxomen) 
op huid van oren, oogleden, snuit en anaalgebied. Er ontstaat oog en neus uitvloeiing (waardoor de ziekte soms erg lijkt op besmettelijke snot, een pasteurella infectie). Jonge konijnen zijn vatbaarder dan ouderen. Na infectie sterft vrijwel 100% van de dieren.
Myxomatose wordt overgebracht door bloedzuigende insecten; bij tamme konijnen meestal muggen, bij wilde konijnen ook vlooien (Spilopsyllus Cuniculi).
Viral haemorrhagic disease (VHD/VHS) is de tweede virusziekte van konijnen. Dit virus wordt overgebracht via direct contact tussen konijnen, en via besmet materiaal (kleding, schoeisel, besmet stro en transportmandjes, maar ook groenvoer uit bos of berm). Aangetaste konijnen sterven vaak zeer snel, zonder ziekteverschijnselen.
Er zijn twee varianten van de VHD
Ook tegen VHD kan geënt worden.